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Methods and Instruments

I. LC-ESI-MS-Kopplung zur Detektion, Strukturaufklärung und Quantifizierung von Metaboliten

1. LC-ESI-QqQ-Massenspektrometrie (triple-Quadrupol-MS)

lcQqQ

 

  • Quantifizierung von Metaboliten
  • Systematische Suche auf strukturhomologe Verbindungen
  • Aufklärung von Metabolismuswegen
  • Detektion von Minormetaboliten in komplexer Matrix
  • Semiquantitative Bestimmung von Substanzklassen
  • Überprüfung von Markierungsexperimenten
  • Fluxanalytik

 

2. LC-Ionenfallen-Massenspektrometrie (IT-MS)

lcit

 

  • Bestimmung von Fragmentierungshierarchien: Strukturaufklärung von Metaboliten und Degradationsprodukten
  • Systematische Suche auf strukturhomologe Verbindungen
  • Multiplexing von Substanzklassen
  • Fluxanalytik
  • Identifizierung von Modifikationen

3. LC-QqTOF-Massenspektrometrie (ESI-TOF-MS)

lcQqTOF

 

  • Metabolic Profiling: Datenbankrecherche und Datenbanksuchevon Metaboliten mit einer exakten Masse (Metlin-Datenbank)
  • Strukturanalytik von unbekannten Verbindungen
  • Erstellung von metabolischen Pathways
  • Identifizierung von Modifikationen

4. Isotopenmassenspektrometrie (IR-MS)

irms

  • Isotopenverhältnisse C, N, O
  • Fluxanalytik
  • Summenparameterbestimmung: C, N, O

 

 

 

 

 

II. GC-EI-MS Kopplung zum "Metabolic Profiling" in Pflanzen, Tieren und Mikroorganismen

 

 

 

gc_system

As a routine method we are profiling relative concentration changes in primary metabolites (sugars, sugar-alcohols, amino acids, organic acids and phosphorylated compounds). The mainly polar metabolites are extracted from the tissue, derivatised and the derivates are quantified and identified with an Agilent GC-Quadrupole-MS System, which can operate in EI and CI mode.

Several more targeted methods for analysing particular (also non-polar) compounds are developed in cooperation with the various users.

 

 

 

 

 

GC-MS chromatogram

Fig.1: Example Chromatogram for a GC-MS primary metabolite profiling in Physcomitrella patens

 

 

 

 

 

fig2

Fig.2: Example for a cluster analysis for the relative changes of metabolite concentrations in Ricinus communis under anoxia.

Contact

Center for Biological Systems Analysis

University of Freiburg

 

  • Address:

    Habsburgerstr. 49
    79104 Freiburg
    Germany
 
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    Hauptstr. 1
    79104 Freiburg
 

 

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